学院前身为1962年组建的浙江师范学院体育系。1962年8月30日浙江省教育厅下发（62）教办字第616号文件（经国务院教张字〔1962〕第233号文批准），将原杭州师范学院、浙江教育学院、浙江体育学院合并为浙江师范学院，共设中文、数学、外语、物理、体育五个系六个专业。1963年9月首次招生，同年，公共体育教研组并入体育系，1965年浙江师范学院南迁，体育系并入杭州大学。1979年经上级批准重建体育系，次年恢复招生。1999年11月体育系和公共体育教研部合并为体育学院，2006年3月更名为体育与健康科学学院。
50年来，学院一路艰难跋涉，几经风雨，经过数代体育人的努力拼搏，终于造就今天体育设施齐全、学科专业规整、教学训练功能多样化的学院。
现有教职工112名，其中专任教师92名；教授11名，副教授52名；博士12名（其中海归博士3名），硕士40名。有教育部全国高校体育教学指导委员会委员、国培计划专家、省政府特殊津贴获得者、曾宪梓奖和郑晓沧奖获得者、校级学科带头人、校级中青年骨干教师等。
设体育教育、社会体育两个本科专业。2003年体育教育专业成为浙江省首批100个重点专业之一， 2008年社会体育专业成为校级特色专业。在《中国大学评价》中两个专业均为A类专业，全日制普通生700余名。学院还承担全校两万余名学生的公共体育教学任务。是教育部贯彻《学校体育工作条例》优秀普通高校，获得浙江省教学成果二等奖、浙江师范大学教学成果一等奖。
2001年招收课程与教学论（体育教育学）和学科教学（体育）两个方向研究生，2003年、2006年分别被批准为体育教育训练学、体育人文社会学硕士点。2009年被新增为专业学位培养单位。2010年成为体育学一级学科硕士学位点，已拥有国家目录内所有学术型、专业型硕士点。现有在校研究生120多名。研究生先后获得浙江省优秀硕士论文、浙江师范大学“十佳学子”称号。
学院为全省培养了近5000名全日制优质师资和各类社会应用性人才，其中有博士、教授、博士生导师、硕士生导师；有中学特级教师，市县级体育教研员；相当一批中小学校长；有国家少年队的教练员、国家队科研攻关负责人，更有在山区、海岛默默无闻、辛勤工作的体育教师。
设立“厚信讲坛”、“博士沙龙”等学术交流平台。承担多项国家级、省部级课题。获第29届奥运会科技攻关与科技服务一等奖、中国体育科学学会科研攻关与应用二等奖。在《体育科学》、《中国体育科技》、《北京体育大学学报》、《体育与科学》、《中国运动医学杂志》等重要学术期刊上发表学术论文数百篇。
积极开展国际文化交流活动，聘请外籍教师任教，邀请外籍专家讲学，教师出国（境）访学考察；学生出国（境）交流学习，赴乌克兰、白俄罗斯、美国等国进行文化交流活动。
拥有国家体育总局体育文化发展中心“体育文化研究基地”，中国大学生篮球协会“CUBA科学研究基地”，国家体育总局青少年俱乐部，体育行业特有职业国家级培训单位，浙江省非奥项目（攀岩）训练基地，浙江省高校实验教学示范中心—体育运动实验教学中心，学校体育研究所和健身健美研究中心。承担浙江省体育高级教师继续教育、浙江省名师名校长培训、浙江省农村中小学体育教师“领雁工程”等“三大基础工程”培训和浙江省高校招生体育术科考试。
2004年经浙江省教育厅批准，田径、篮球、足球为高水平运动队，2006年经过教育部评审，被列为招收高水平运动队学校，田径、足球为高水平运动队。2010年经教育部评审，为新一轮高水平运动队建设学校，田径、篮球为高水平运动队，现有国际运动健将、运动健将、一级运动员，培养出一批国际级、国家级和一级裁判员。为中国大学生网球协会、中国大学生攀岩协会副主席单位，田径、篮球、攀岩是浙江省教育厅首批普通高校体育特色项目。
在全国运动会、全国体育大会、全国大学生运动会、全国大学生基本功大赛、浙江省大学生运动会等重大赛事中取得优异成绩。攀岩队代表浙江省参加第四届全国体育大会，获得一等奖1名，二等奖1名，三等奖2名，获得浙江省参加全国体育大会“突出贡献奖”。获得全国大学生田径、体操、攀岩、体育舞蹈、跆拳道等多项冠军；第五届全国高师田径运动会甲组团体总分第三，女子团体总分第二；浙江省第十三届大运会田径丙组、丁组男女团体总分第一名，共获得36枚金牌，有8名运动员打破省大运会记录。多次获得获得浙江省大学生田径、篮球、足球比赛专业组第一。
拥有室内外体育场馆十八余万平方米，体育设施一流。先后承办第三届CUBA中国大学生篮球联赛（东南赛区）、浙江省第十二届大学生运动会等重大赛事，以及第三届全国青年体育科学学术会议、第十三届全国运动生物力学学术交流大会、第一届全国中小学体育教师教学技能比赛、2011年全国中小学体育教学指导委员会工作会议等全国性的重大活动。
学院将秉承“厚德诚信，拼搏超越”的院训，以教育质量为核心，寻求战略重点与战略突破；以科学管理为手段，提高学生的综合素质与核心竞争力；以人才培养为目标，提升学院的综合实力与社会影响力。为全面建设高水平教学研究型学院而奋斗。